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./generated_data/gbm_tcga_gdc
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cBioPortal version 6.0.10
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
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| Debug | – | – | Requesting info from portal at 'https://www.cbioportal.org' | – | |
| Debug | – | – | Requesting cancer-types from portal at 'https://www.cbioportal.org' | – | |
| Debug | – | – | Requesting genes from portal at 'https://www.cbioportal.org' | – | |
| Debug | – | – | Requesting genesets from portal at 'https://www.cbioportal.org' | – | |
| Debug | – | – | Requesting genesets_version from portal at 'https://www.cbioportal.org' | – | |
| Debug | – | – | Requesting gene-panels from portal at 'https://www.cbioportal.org' | – | |
| Debug | – | – | Retrieving chromosome lengths from '/Users/jko/Code/nci-crdc-pipeline/scripts/importer/chromosome_sizes.json' | – | |
| Debug | – | – | Validating case lists | – | |
| Info | – | – | Validation of case list folder complete | – | |
| Info | – | – | Validation complete | – |
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Debug | – | – | Starting validation of meta file | – | |
| Info | – | – | Validation of meta file complete | – |
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Debug | – | – | Starting validation of meta file | – | |
| Info | – | – | Validation of meta file complete | – |
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Debug | – | – | Starting validation of meta file | – | |
| Info | – | – | Validation of meta file complete | – |
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Debug | – | – | Starting validation of meta file | – | |
| Info | – | – | Validation of meta file complete | – |
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| Debug | – | – | Starting validation of file | – | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Warning | 66, 81, 85… | 1 | Clinical data defined for a patient with no samples | TCGA-02-0250, TCGA-02-0329, TCGA-02-0336… |
See all 9 values
Listing all values for the message: Clinical data defined for a patient with no samples
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| Info | – | – | Read 611 lines. Lines with warning: 9. Lines with error: 0 | – |
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|---|---|---|---|---|---|
| Debug | – | – | Starting validation of file | – | |
| Info | – | – | Validation of file complete | – | |
| Info | – | – | Read 615 lines. Lines with warning: 0. Lines with error: 0 | – |
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| Warning | 86, 177, 178… | – | Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id. | 100033819, 100126296, 100126297… |
See all 1768 values
Listing all values for the message: Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id.
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| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Debug | – | – | Starting validation of file | – | |
| Warning | 10894, 93232, 116059 | – | Segment is zero bases wide and will not be loaded | 151721014-151721014, 77760416-77760416, 10131410-10131410 | |
| Info | – | – | Validation of file complete | – | |
| Info | – | – | Read 155881 lines. Lines with warning: 3. Lines with error: 0 | – |
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Warning | 87, 193, 194… | – | Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id. | 100033819, 100126296, 100126297… |
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Listing all values for the message: Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id.
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| Warning | 87, 193, 194… | – | Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id. | 100033819, 100126296, 100126297… |
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| Warning | 87, 193, 194… | – | Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id. | 100033819, 100126296, 100126297… |
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Listing all values for the message: Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id.
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| Warning | 87, 193, 194… | – | Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id. | 100033819, 100126296, 100126297… |
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| Warning | 87, 193, 194… | – | Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id. | 100033819, 100126296, 100126297… |
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Listing all values for the message: Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id.
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| Warning | 87, 193, 194… | – | Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id. | 100033819, 100126296, 100126297… |
See all 1899 values
Listing all values for the message: Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id.
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| Warning | 3 | – | Including the SWISSPROT column is recommended to make sure that the UniProt canonical isoform is used when drawing Pfam domains in the mutations view | – | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Info | 6, 13, 16… | – | Line will not be loaded due to the variant classification filter. Filtered types: [Silent, Intron, 3'UTR, 3'Flank, 5'UTR, 5'Flank, IGR, RNA] | Silent, 5'Flank, RNA… |
See all 14383 values
Listing all values for the message: Line will not be loaded due to the variant classification filter. Filtered types: [Silent, Intron, 3'UTR, 3'Flank, 5'UTR, 5'Flank, IGR, RNA]
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| Warning | 12, 538, 539… | – | Entrez gene id exists, but gene symbol specified is not known to the cBioPortal instance. The gene symbol will be ignored. Might be wrong mapping, new or deprecated gene symbol. | BTBD11, THEG, CCDC105… |
See all 172 values
Listing all values for the message: Entrez gene id exists, but gene symbol specified is not known to the cBioPortal instance. The gene symbol will be ignored. Might be wrong mapping, new or deprecated gene symbol.
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| Warning | 2184, 8716, 10225… | – | Gene symbol not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. | RRNAD1, NBPF7, FAM160A2… |
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Listing all values for the message: Gene symbol not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded.
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| Warning | 19014, 49558, 49559 | – | No Amino_Acid_Change or HGVSp_Short value. This mutation record will get a generic "MUTATED" flag | – | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Info | – | – | Read 1650 lines. Lines with warning: 0. Lines with error: 0 | – |
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| Warning | – | – | Unrecognized field in meta file | short_name | |
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| Info | – | – | Setting reference genome to human (GRCh38, hg38) | – |
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Click on a filename below to see a table of messages about the data in the file. The colors in the tables have the following meanings:
| Error | Error: cBioPortal will not know how to load this, please revise or remove |
| Warning | Warning: possible cause of confusion, please check whether this is intended |
| Info | Info: this looks good, no action required |
| Debug | Verbose output: details on the progress of the validation script |